本网讯日前，国际权威杂志《Nucleic Acids Research》在线发表了我校“百人计划”方刚教授在合成生物信息学领域的突破性研究论文“Optimizing DNA Assembly Based on Statistical Language Modelling”。方钢教授为该文第一作者和通讯作者，广州大学为第一作者单位。该杂志中文译名为《核酸研究》，2017年影响因子为10.162。

方钢教授的论文首次提出了分析核酸序列的统计语言模型，将合成生物学标准“零件”（一些功能DNA片段），不断地以某一“语法”装配，就可以得到由数十个乃至几十个功能片段组成的复杂功能表达系统。由于标准“零件”数量众多，选择合适的“零件”组装成功能性的复杂表达系统就成为一个复杂的问题，费时、费力并且容易发生错误，特别是在进行表达系统构建的最后阶段，从众多的选项中挑选合适的“零件”往往比较困难。针对这一问题，论文以合成生物学大数据为基础，首次采用了自然语言处理的统计语言模型，应用动态规划算法优化表达系统设计，从众多的选项中找出最优者，从而减少合成生物学复杂表达系统组装构建过程中的冗余操作，减少表达系统构建的花费。

论文不仅解决了复杂表达系统构建的“零件”选择问题，而且提出了合成生物学功能片段的统计语言模型。这一全新的方法推动了合成生物学功能片段的同一注释，促进了合成生物学统一语言的发展，同时为分析核酸序列提供了新的手段。

（供稿：科研处 编辑：杨春荣）